Die Sammlung zählt rund 1500 Möbel. Von diesem Gesamtbestand ist etwa ein Drittel ständig ausgestellt, der überwiegende Teil bildet die Einrichtung von 25 Räumen des Wohnmuseums im Haus zum Kirschgarten. Generell finden sich die Möbel des 15. bis frühen 18. Jahrhunderts in der Barfüsserkirche, die Möbel der Epochen ab ca. 1720 im Haus zum Kirschgarten verteilt.
Truhen, Schränke, Tische, Buffets und Betten vertreten die Epochen Spätgotik, Renaissance und Barock in überregional herausragenden Beispielen. Grosses Gewicht in der Sammlung hat neben allgemeinen typologischen und kunsthandwerklichen Aspekten die historische Provenienz bestimmter Möbel. Klöster und Kirchen, die Stadt, die Zünfte und wohlhabende Bürger sind vielfach als Auftraggeber oder ehemalige Besitzer bekannt. Mit einzelnen Möbeln verbinden sich die Namen bedeutender Persönlichkeiten wie Erasmus von Rotterdam, Basilius Amerbach oder Jacob Burckhardt. Mengenmässig überwiegt das bürgerliche Gebrauchsmobiliar des 18. und 19. Jahrhunderts. Das Sammlungsschwergewicht liegt auf Basler Möbeln; es ist jedoch nicht eingeschränkt auf die Herstellung, sondern auch bezogen auf den Gebrauch in Basel. Damit haben auch z. B. im 18. Jahrhundert aus Paris oder im 19. Jahrhundert aus Mailand oder Mainz importierte Stücke ihren Platz in der Sammlung.
Zur Gliederung des Bestandes lassen sich zwei grosse Gruppen bilden: Etwa 600 Möbel aller Gattungen zählt die allgemeine typologische Sammlung. Daneben besteht eine Fachsammlung mit rund 800 Sitzmöbeln (inbegriffen die Stuhlsammlung des ehemaligen Gewerbemuseums Basel), die bis in die jüngste Zeit reicht.
Die Möbelsammlung wird durch wandfeste Innendekorationen wie Täfer und Portale sowie sonstige Architekturteile aus Holz ergänzt. Diese Zeugnisse der Schreinerkunst, vielfach aus abgebrochenen Häusern stammend, sind im Museum eingebaut oder werden in zahlreichen Fragmenten als Quellen für die Bauforschung aufbewahrt.
