Malerei, Zeichnung, Druckgrafik und Fotografie konzentrieren sich auf die Stadt Basel sowie ihren historischen Einzugsbereich. Folgende Schwerpunkte werden gesetzt: Spätgotische Tafelmalerei, Porträtmalerei und Bildnisminiatur, Malerei aus Basler Bauten, Darstellungen der Stadt, ihrer Bauten, ihres Lebens und Brauchtums, der besonderen Ereignisse sowie ihres Gewerbes, ferner als Spezialsammlungen Stammbücher sowie Scheibenrisse und Glasmalereientwürfe. Sammlungswürdig sind die Darstellungen wegen ihres historischen Zeugniswerts, ihres ursprünglichen Verwendungszwecks und ihrer Provenienz.
Die Sammlung umfasst eine Vielzahl an Materialien und Techniken, darunter Malerei auf Holz, auf Leinwand, auf Metall, hinter Glas, auf Pergament, auf Papier, ferner Pastelle, Gouachen, Silberstiftzeichnungen sowie verschiedene Drucktechniken bis hin zur frühen Fotografie. Von den rund 450 Gemälden (Öl auf Holz und Öl auf Leinwand) ist etwa ein Drittel ständig ausgestellt.
Den Gemäldebestand dominieren ca. 350 Basler Bildnisse des 17. bis frühen 20. Jahrhunderts. Die gegenüber der Genremalerei, der Landschaftsmalerei oder religiösen Themen reich vertretene Bildniskunst ist generell Ausdruck eines Bedarfs der reformierten Bürgerschaft. Die Qualität der Bildnisse ist künstlerisch uneinheitlich und widerspiegelt das Urteil eines Zeitgenossen (C. G. Küttner) aus dem Jahre 1779 über die Stadt Basel, die ein herrlicher Ort für Porträtmaler sei, da sie «alle, vom guten und mittelmässigen bis auf die allerschlechtesten herab Arbeit fänden». So sind allein mit der Bildnissammlung – Kleinmeister und Bildnisminiaturen ausgenommen – ca. 100 verschiedene Maler schweizerischer, deutscher, böhmischer, niederländischer und italienischer Herkunft vertreten. Die personenbezogen lokale Ausrichtung der Bildnissammlung erfährt so durch die Künstler eine internationale Ausweitung.
Im Bestand der Grafischen Sammlung (Zeichnungen) haben die Abbildungen von verlorenen oder fragmentierten Basler Kunstschätzen besonderen Dokumentationswert: so von der 1504 verkauften Burgunderbeute, vom 1805 abgebrochenen Basler Totentanz und vom 1836 zum Teil versteigerten Münsterschatz.
