Die Glasmalerei gilt als national bedeutender Kunstzweig der Schweiz. Die Stadt Basel war nicht nur ein blühendes Zentrum der Kabinettglasmalerei, sondern sie bewahrt auch einen ansehnlichen Bestand kirchlicher und profaner Glasbildkunst neuerer Zeit (ca. 1830–1930) noch in situ. Für das Historische Museum Basel gehört die Glasmalerei deshalb zu den bevorzugten Sammlungsgebieten.
Vier grössere Komplexe sind zu unterscheiden:
- Die kirchliche Glasmalerei mit Beispielen aus dem 13. bis 16. Jahrhundert.
- Die Kabinettglasmalerei mit überwiegend profanen Scheiben, beginnend in der Zeit vor der Reformation und reich vertreten im 16. und 17. Jahrhundert, bis hin zu Beispielen der Wiederbelebung der Gattung in Basel seit etwa 1830.
- Dann die grosse homogene Gruppe von 107 neu angefertigten Wappenscheiben, die Basler Familien anlässlich der Eröffnung des Museums 1894 stifteten.
- Als vierte Gruppe schliesslich 100 Musterscheiben (Lehrgang für Glasmalerei) und Kopien des 19. und frühen 20. Jahrhunderts, die 1989 aus der Sammlung des Gewerbemuseums übernommen wurden.
Die profane Glasmalerei, die mit der in der Schweiz ausgeprägten Sitte der Fenster- und Scheibenstiftungen zusammenhängt, stellt den Hauptanteil der Sammlung. Die kleinformatigen, auf Nahsicht ausgerichteten Glasbilder gehörten als Kabinettscheiben zur Ausstattung von Burgen, Rathäusern, Zunftstuben, Schützenhäusern und privaten Wohnstuben. Sie sind dementsprechend in der Form von Standesscheiben, Zunft- und Gesellschaftsscheiben sowie bürgerlichen Wappenscheiben vertreten. Allein rund 100 Beispiele in der Sammlung können Basler Meistern der Spätrenaissance und Barockzeit zwischen 1550 und 1650 zugewiesen werden, ein fruchtbarer Zeitraum, in dem 55 Glaser und Glasmaler nachweislich in der Stadt tätig waren. Dass die Gattung im 16. Jahrhundert unter dem Einfluss Hans Holbeins d.J. in Basel zu höchster Qualität gelangt war und im frühen 19. Jahrhundert mit dem Maler Hieronymus Hess einen bemerkenswerten Ausläufer hat, belegen Einzelstücke der Sammlung. Der Bestand wird durch Scheibenrisse und Entwürfe in der Grafischen Sammlung des Museums ergänzt.
