Die Glassammlung umfasst gegen 1100 Objekte. Sie ist nicht typologisch aufgebaut, sondern setzt sich aus Geschenken und Legaten aus Basler Privatbesitz zusammen. Dennoch bietet sie einen guten Durchschnitt und dem Kenner einige interessante Beispiele internationaler Manufakturen, so z. B. ein sehr frühes Beispiel für Nürnberger Glasschnitt oder drei Gläser von historischem Belang mit Diamantriss, wie die Flasche aus dem Besitz des Basler Bürgermeisters Johann Rudolf Wettstein.

Die frühesten Gläser aus dem 13. und 14. Jahrhundert entstammen Basler Bodenfunden. Der Bogen spannt sich bis zu grossen Kristallservices aus der 1. Hälfte des 20. Jahrhunderts. Zahlenmässig überwiegen deutsche und böhmische Schnittgläser unterschiedlicher Qualität aus dem 18. und 19. Jahrhundert. Unter die einfacheren zählen Becher und Pokale mit geschnittenen Wappen alteingesessener Basler Familien oder der Zünfte. Schweizer Glashütten des 18. und 19. Jahrhunderts, wie z. B. die Entlebucher, sind mit volkstümlich dekorierten Email, Farb und Schnittgläsern vertreten.

Mit der 1993 erfolgten Obernahme von über 500 Gläsern aus der ehemaligen, qualitativ sehr unterschiedlichen Sammlung des Gewerbemuseums/Museums für Gestaltung ist auch das Industriedesign mit einigen Beispielen dokumentiert sowie der Historismus mit einer Gruppe Gläser der Rheinischen Glashütten AG Ehrenfeld bei Köln, die sich im 19. Jahrhundert auf Kopien antiker und historischer Gläser spezialisierte.