Kirchliche Bildwerke aus Holz besitzt das Historische Museum heute in etwa 280 Einzelfiguren von Christus, der Muttergottes und 60 verschiedenen Heiligen. Etwa die Hälfte davon lässt sich auf ihre Herkunft (Ort der Erwerbung, Aufstellung oder Entstehung) zurückführen. Das Sammlungsschwergewicht ist auf Basel und seine Region, auf die Kantone der Innerschweiz sowie auf die Gebiete längs des Rheins von Chur über den Bodensee bis Baden Baden einzugrenzen. Die meisten dieser kirchlichen Bildwerke entstanden im 15. und frühen 16. Jahrhundert. Die einst reichen Basler Kirchenausstattungen wurden durch den Bildersturm 1529 weitgehend beseitigt.
Grossplastische Bildwerke aus Stein prägen die Sammlung mit Basler Beispielen der Sepulkralplastik und der Brunnenplastik. Die Epochen der Romanik, der Gotik, der Renaissance und der frühen Barockzeit sind vertreten.
Kleinplastische profane Bildwerke aus dem 15. bis zum 17. Jahrhundert bilden einen dritten bedeutenden Schwerpunkt. Hier lässt sich die Sammlungstradition bis auf die Ursprünge der bürgerlichen Kunstkammern zurückführen. Italienische Renaissancebronzen, süddeutsche Kleinplastiken sowie einzelne Werke französischer und niederländischer Herkunft, die in frühen Sammlungen zusammengetragen wurden, bestimmten auch hier früh eine überregionale Ausrichtung.
Als eigene Gattung der Kleinplastik ist dabei die Sammlung mehrerer hundert Plaketten zu nennen, die aufgrund der bereits im 16. und 17. Jahrhundert getätigten Erwerbungen geschlossener Bestände zu den bedeutendsten ihrer Art zählt. Insgesamt bilden die kleinplastischen Bildwerke nicht zuletzt aufgrund der verschiedenen Materialien wie Stein, Holz, Bronze, Kupfer, Elfenbein, Perlmutt, Blei, Wachs, Gips oder Ton einen heterogenen Komplex. Er wird mit jeweils mehreren Werken des Franzosen Aubert Parent und des Württembergers Valentin Sonnenschein von zwei namhaften Künstlerpersönlichkeiten des ausgehenden 18. Jahrhunderts abgerundet.
