La collection d'instruments de musique est de loin la plus grande en Suisse. Elle est comparable aux collections de grands musées européens. Elle comprend actuellement près de 3000 objets, presque exclusivement des instruments de musique européens du XVIe au XXe siècle. C'est ainsi une collection remarquable pour les études et la recherche musicologiques.
Son histoire a commencé il y a plus de 140 ans, en 1862, lorsqu'un orgue de table de l'église St-Léonard de Bâle a été confié à la collection médiévale. Des dons, des achats et des legs particulièrement généreux ont considérablement augmenté le fonds de la collection: legs Maurice Bedot-Diodati (Genève) avec 48 instruments en 1927, donation de Paul Sacher de la collection intégrale d'Otto Lobeck (Herisau) avec 350 instruments en 1956. En 1957, achat de la succession du luthier zurichois Albert Riemeyer avec 25 instruments à corde. Avec le legs de la plus grande collection mondiale de cuivres et tambours historiques de Wilhelm Bernoulli-Preiswerk (Greifensee), le fonds s’agrandit subitement de plus de 900 objets. En 2004, dépôt par la fondation Paul Sacher (Bâle) de tout le complexe lié aux œuvres de Mauricio Kagel.
Même une collection aussi vaste présente nécessairement des accents particuliers. Ceux-ci se trouvent d'une part dans les cuivres, avec les formes et types de ventiles les plus divers du XIXe siècle. L’instrument le plus ancien est une trompette longue, datant de 1578. Par ailleurs, beaucoup d'objets se rapportent à l'histoire de la musique à Bâle et sont intéressants de ce fait. Enfin la collection se distingue par une série de remarquables instruments à clavier (petits orgues, clavecins, pianofortes). L'histoire bien documentée des pérégrinations de certains objets et la possibilité de les replacer ainsi dans leur contexte concret constituent des aspects très précieux de la collection.
