Peinture, dessin, gravure et photographie sont aussi très bien représentés au Musée Historique de Bâle. L'accent principal des collections porte sur la cité de Bâle et sa région, de même que sur les genres suivants : panneaux peints du Gothique tardif (retables), portrait et miniature, peinture associée aux édifices de Bâle (murales, papiers peints, mobilier) et images de la cité, de son architecture, de ses us et coutumes et des moments marquants de son Histoire politique, culturelle et économique. En outre le musée conserve des collections spéciales : des albums de familles et des dessins préparatoires aux vitraux et peintures sur verre. Les critères de sélection de la collection, en dehors de la qualité artistique, tiennent compte du sujet, de l'importance historique, de la provenance, de même que de la première destination.
Ces œuvres utilisent une grande variété de médiums et de techniques : peinture sur panneau, sur toile ou sur métal, sur verre, parchemin ou papier; pastel, gouache et dessins à la pointe d'argent; diverses méthodes d'impression, de la gravure aux premières photographies, sont aussi représentées. Environ un tiers des quelques quatre cent cinquante tableaux (huile sur toile ou sur panneau) sont exposés en permanence.
350 d’entre eux sont des portraits, principalement de citoyens de Bâle du XVIIe jusqu’ au début du XXe siècle. La collection constitue une galerie de portraits ancestraux représentant l'histoire de la cité république et des familles et personnages qui en furent les principaux protagonistes. En outre, la prédominance du portrait vis à vis d'autres genres comme le paysage ou la peinture religieuse illustre la forte demande d'une clientèle protestante et indique le manque de commandes venant d'institutions religieuses ou séculaires pour d'autres sujets. La qualité des portraits est inégale et confirme le jugement de C.G. Küttner qui écrivait en 1779 que Bâle est un lieu splendide pour les portraitistes «. . . puisqu’ ils y trouvent tous du travail, de l'excellent, du médiocre au pire». Dans la seule collection des portraits en excluant les gravures et miniatures de petits maîtres environ 90 peintres sont représentés : Suisses, Allemands, Bohèmes, Néerlandais, Italiens. Ainsi le regard de la collection sur la population locale est complété par une dimension internationale.
Enfin, les collections d'art graphique témoignent des trésors artistiques bâlois perdus ou éparpillés et ont ainsi une grande valeur documentaire. Citons par exemple le butin bourguignon, vendu en 1504, la danse macabre de Bâle, détruite en 1805, ou le trésor de la cathédrale, partiellement vendu aux enchères en 1836.
