L'art du vitrail revêt en Suisse une importance nationale. Non seulement la ville de Bâle était autrefois un centre florissant du vitrail, mais elle possède encore dans leur lieu d'origine une quantité considérable de vitraux religieux et laïques datant d'une époque plus moderne (1830 à 1930 environ). Par conséquent les vitraux, dans le domaine des collections d'art, sont d'un intérêt particulier pour le Musée Historique de Bâle.
On peut diviser cette collection en quatre grandes catégories :
- les vitraux d'origine ecclésiastique du XIIIe au XVIe siècle ;
- des vitraux civils comprenant surtout des panneaux datant de la période avant la Réforme, et représentant généreusement les XVIe et XVIIe siècles, y compris, aussi, des exemples du genre qui réapparurent à Bâle à partir de 1830 ;
- un grand groupe homogène de cent sept panneaux d'armoiries, dons de familles bâloises pour marquer l'ouverture du musée en 1894 ;
- un groupe de cent panneaux spécimens (œuvres d'apprentis verriers) et des copies de vitraux fabriqués au XIXe et au début du XXe siècle, qui ont été transférés de la collection du Gewerbemuseum (Musée des Arts et Métiers) en 1989.
Les vitraux profanes représentent la majeure partie de la collection, et sont une manifestation de la coutume, très répandue en Suisse, de faire don de vitraux. Ces petites peintures sur verre étaient conçues pour être vues de près. Elles décoraient des châteaux, des hôtels de ville, des édifices appartenant aux guildes, des bâtiments de clubs de tir et des salons privés, et se rapportaient aux fonctions de ces sociétés et organismes officiels, ou bien elles déployaient les armoiries des principales familles de la ville. Environ cent pièces de la collection peuvent être attribuées aux maîtres verriers de Bâle de la fin de la Renaissance et du Baroque, entre 1550 et 1650, période florissante où l'on peut prouver que cinquante cinq verriers et peintres sur verre travaillaient dans la ville. Des pièces individuelles de la collection démontrent que ce genre de vitrail était à son apogée à Bâle au XVIe siècle sous l'influence de Hans Holbein le Jeune. De plus, on peut remarquer au début du XIXe siècle une renaissance de cet art à travers l'œuvre du peintre sur verre Hieronymus Hess. Des dessins et motifs pour vitraux complètent la collection graphique du musée.
