Die Kommission zum Historischen Museum Basel begleitet, berät und unterstützt die Museumsdirektion (Museumsgesetz § 7). Sie entscheidet über grössere Ankäufe und bewilligt Leihgaben aus der Sammlung des Museums.
Die Kommission setzt sich aus Mitgliedern der Universität und Mitgliedern, die von der Regierung auf Antrag des Präsidialdepartements gewählt werden, zusammen. Sie besteht seit 1861 auf gesetzlicher Grundlage (damals Kommission für die Mittelalterliche Sammlung).